שלפוחית הזרע (בלועזית: Seminal Vesicle) היא בלוטה המתחברת אל צינור הפליטה, ומייצרת חלק מנוזל הזרע בו נמצאים תאי הזרע. אצל האדם קיימות שתי שלפוחיות זרע, אחת מכל צד.
השלפוחיות ממוקמות מתחת לשלפוחית השתן, כאשר כל שלפוחית מורכבת מצינור מפותל אחד המתחבר לצינור הפליטה המקביל לפני הערמונית. אורכו של כל שלפוחית כ-5 סנטימטרים, אם כי אורכו כשהוא מתוח הוא כ-10 סנטימטרים (הוא אינו מתוח לעולם).
תפקידה של שלפוחית הזרע היא להפריש חלק משמעותי מהנוזל שנפלט מהגוף (נוזל הזרע). להפרשה זו גוון צהבהב והיא הסיבה לגוון צהבהב בנוזל הזרע. ההערכה היא כי כ-50% עד 70% מסך נוזל הזרע מקורו בשלפוחית הזרע. יחד עם זאת, בטיפות הראשונות של נוזל הזרע אשר נפלטים מהשופכה, נוזל זה אינו כה משמעותי, שכן בטיפות אלו יש בעיקר תאי זרע וכן נוזל אשר עשיר באבץ, שמקורו בערמונית.
רמת החומציות של הנוזל שמקורו בשלפוחית הזרע הוא נמוך והוא שעוזר לתאי הזרע לשרוד את הסביבה החומצית שבנרתיק האישה. בנוסף, נוזל זה הוא שגורם לנוזל הזרע להיות בעל מרקם דביק וג'לי לאחר השפיכה.
הנוזל מכיל בעיקר חלבונים, אנזימים, פרוקטוז, ריר, ויטמין C ופרוסטגלנדין. ריכוז גבוה של פרוקטוז (סוכר פירות) מספקים אנרגיה מזינה לתאי הזרע.