סיבוכים לטווח קצר כוללים זיהומים, שטפי דם פנימיים ודימום ב[[שק האשכים]]. מחקר משנת 2012 מצא שיעור זיהום של 2.5%. סיבוכים עיקריים לטווח ארוך הם כאבים כרוניים ותסמונות שעשויות להשפיע על האשכים, האגן ו/או הבטן התחתונה.
===תסמונת כאב שלאחר ניתוח חתך צינור הזרע===
{{הפניה לערך מורחב|תסמונת כאב שלאחר ניתוח חתך צינור הזרע}}
[[תסמונת כאב שלאחר ניתוח חתך צינור הזרע]] (PVPS) היא מחלה כרונית ולפעמים מחלישה שעלולה להתפתח מיד או מספר שנים לאחר הניתוח. סקר בדק מספר מחקרים ומצא כי השכיחות היא אחת לעשר עד שלושים ניתוחים. הכאב עשוי להיות [[אורכיאלגיה|אורכיאלגי]] (באשכים) או [[יותרת האשך|אפידידמלי]] (ביותרת האשך) - לטווח ארוך, או כאב זמני המתרחש במצבים מסוימים כגון ב[[יחסי מין]], [[שפיכה]] או מאמץ פיזי.